病毒性肠炎无特效疗法，治疗以饮食疗法和支持疗法为主，不需应用抗生素。非侵袭性细菌所致的急性肠炎多为自限性
，仅用支持疗法即可痊愈；有人认为，应用抗生素对病程无明显影响，且易产生耐药菌株，延长带菌状态，但对新生儿、婴幼儿、免疫功能低下的衰弱儿和重症者仍宜使用抗生素。侵袭性细菌性肠炎一般均需用抗生素治疗。临床常用的抗生素，可选择应用，有条件者可根据细菌药敏试验结果调整之。
(1)大肠杆菌肠炎：多用粘菌素(多粘菌素E、抗敌素)、庆大霉素、吡哌酸、呋喃唑酮、复方新诺明、氨苄青霉素等。
(2)胎儿空肠弯曲菌肠炎：可用红霉素、庆大霉素、氯霉素、呋喃唑酮，中药黄连、黄柏。
(3)耶耳森菌小肠
结肠炎：可用庆大霉素、氯霉素、粘菌素、复方新诺明。
(4)鼠伤寒沙门氏菌小肠
结肠炎：可用氨苄青霉素、庆大霉素、吡哌酸、呋喃唑酮、羟苄四唑头孢菌素、复方新诺明、氯霉素。
(5)金黄色葡萄球菌肠炎：原发者少见，由长期应用广谱抗生素使肠道菌群失调所致者，应停用原来的抗生素，可用万古霉素、半合成耐青霉素酶的新青霉素，如苯甲异恶唑青霉素、邻氯青霉素或双氯青霉素。
(6)伪膜性小肠
结肠炎：可用万古霉素、灭滴灵(甲硝唑)、杆菌肽、消胆胺(可结合细菌毒素)。
(7)真菌性肠炎：可用制霉菌素、克霉唑。
(8)寄生虫性肠炎：如梨形鞭毛虫引起者可用灭滴灵、呋喃唑酮。
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